L'histoire se déroule deux ans, après la fin de la guerre et la signature du traité de Yakin Due. A la suite de négociations, un traité d'accord de paix à été mis en place sur les lieux même de la tragédie de Junius 7. Cependant les tensions sont toujours présentes avec les menaces persistantes de Blue Cosmos.
Durant une conférence entre le président de PLANT Gilbert Dullindal et la représentante de Orb, Cagalli Yula Athha, au sujet de la menace d'une nouvelle arme, un groupe de l'alliance attaque la base de ZAFT où a lieu le rendez-vous et s'échappent avec trois Mobile Suit Gundam.Cagalli, devenue souveraine de Orb se rend sur la colonie Armory One, sur Plant. Elle est accompagnée d'Athrun Zala, qui après la guerre, s'est réfugié sur Orb. Athrun se fait passer pour son garde du corps.
Ensemble, ils vont assister à une conférence secrête avec le nouveau leader de Zaft: Dullindal. Cagalli souhaite lui parler au sujet de l'armement des colonies, et de l'avenir de la paix. Mais alors qu'ils sont entrain de visiter la base, des ennemis attaquent des entreprôts et volent trois nouveaux MS construit dans le plus grand secret par Zaft.
Un nouveau Gundam décolle pour tenter de les intercepter. Il est piloté par un jeune coordinator de 16 nommé Shinn Asuka. Shinn a perdu sa famille, lors de la guerre. Elle a été tué lors de l'attaque de Orb, et il ne compte pas laisser éclater une nouvelle guerre.
L'histoire de Gundam Seed Destiny commence.
